Desmond Miles é um bartender que é seqüestrado por uma poderosa empresa chamada Abstergo. Embora em cativeiro, Desmond é informado de que ele pode usar uma máquina chamada Animus, criado pelas indústrias, para reviver as memórias de seus ancestrais. Ele aceita usar a máquina, e revive as memórias de seu ancestral, Altaïr ibn-La'Ahad.
Altaïr, antepassado de Desmond, é um assassino desonrado porque ele quebrou os três princípios da crença dos assassinos. Estes são, 1. Nunca matar uma pessoa inocente, 2. Sempre ser discreto, 3. Nunca comprometa a fraternidade. A fim de recuperar seu antigo status Altair deve caçar nove alvos principais. Altair relutantemente concorda e ele lentamente persegue os homens. Ele percebe que todos eles têm algo em comum. Depois de assassinar todos os nove alvos e descobrindo que seu alvo era nono na verdade uma armadilha, Altair confronta Robert, o líder do [[Cavaleiros Templários]], na frente do rei [[Ricardo Coração de Leão]] líder do exército cruzado . Altair informa à Ricardo que Robert está tramando para trair e matar ele, o que faz com que o rei encorajage um duelo de morte entre Altair e Robert. Ricardo então acredita Altair. Ao morrer, Robert confessa para Altair que não havia nove, mas dez Templários conspirando para obter o Pedaço do Eden. O décimo é Al Mualim, que queria manter o Pedaço do Eden para si mesmo e, portanto, enviou Altaïr para matar os outros. De volta à Masyaf, fortaleza dos assassinos, Al Mualim tinha tomado sobre as mentes das pessoas no interior. Altair consegue derrotar e matá-lo em um duelo. A memória que Abstergo estava procurando, que localiza-se no Pedaço do Eden, revela que é apenas um dos 28 que estão espalhados por todo o mundo.
DE volta à 2012, Abstergo envia uma equipe para recuperar tantas peças quanto possível. Decidindo que não precisam mais de Desmond, dão ordens para matá-lo. Lucy Stillman, uma empregada do Abstergo que revelou a Desmond que ela é uma assassina disfarçada, os convence a não matar Desmond, até que recuperem as peças, dando-lhe tempo. Desmond é deixado sozinho na sala do Animus, e pelo uso da visão de águia de herdada Altaïr do "efeito de sangramento" causado pelo Animus, ele vê muitos símbolos desenhados com sangue nas paredes de sua sala e nos pisos do laboratório. Estes símbolos contêm referências ao fim do mundo em muitas línguas diferentes.
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